Цялостен дизайн на изследването. (А) Адаптиране на клетъчните линии към целевите лекарства. (Б) Биоинформатичен тръбопровод за намиране на комбинации от целеви лекарства.

Разпределение на стойностите на PAS във времето. (А) Изграден е график за плътност за всяка клетъчна линия за всяко лекарство и за всеки времеви момент. Всяка крива показва плътност на силата на активиране на пътя за 378 сигнални пътеки. Графиките за плътност са изградени с помощта на решетъчен пакет R (B, C). Стандартно отклонение на стойностите на PAS за клетки SKOV-3 (B) и NGP-127 (C), третирани с целеви лекарства за 1 до 4 месеца.

Жизнеспособност на SKOV-3 и NGP-127 клетки, третирани с различни концентрации на целеви лекарства: (A) Akt инхибитор Afuresertib; (B) EGFR и ErbB инхибитор Sapitinib; (С) инхибитор на фосфолипаза С U73122; и (D) инхибитор на прореза FLI-06. Жизнеспособността и IC50 са измерени с тест МТТ (3- [4,5-диметилтиазол-2-ил] -2,5-дифенилтетразолиев бромид).

Примери за антагонистичен (А), адитивен (В) и синергичен (С) ефект на комбинации инхибитор/лекарство. Прекъснатата линия съответства на едно лекарство, плътна линия - комбинация. Оцеляването на клетките, подложени на комбинация от лекарства, се нормализира чрез жизнеспособността на клетките, третирани с лекарството, използвано в постоянна концентрация. Например, жизнеспособността на SKOV-3 клетки, подложени на Sorafenib и Afuresertib, е разделена на жизнеспособността на SKOV-3 клетки, подложени на IC20 само на Afuresertib.

Жизнеспособност на наивни SKOV-3 клетки, третирани с различни комбинации от целеви лекарства: (А - С), съответно сунитиниб, еверолимус или темсиролимус, в комбинация с инхибитор на Notch FLI-06 или самостоятелно; (D) Пазопаниб в комбинация с mTOR инхибитор Temsirolimus; (E, F) Sorafenib или Sunitinib, съответно, в комбинация с Akt инхибитор Afuresertib или самостоятелно. Прекъснатата линия съответства на едно лекарство, плътна линия - комбинация.

Жизнеспособност на целеви резистентни към SKOV-3 клетки, третирани с различни комбинации от целеви лекарства: (A) резистентни на сорафениб клетки, третирани с (i) комбинация от фосфолипаза С инхибитор U73122 и сорафениб или (ii) самостоятелно сорафениб; (B) устойчиви на сунитиниб клетки, третирани с (i) комбинация от EGFR инхибитор Sapitinib и Sunitinib или (ii) самостоятелно Sunitinib; (C) Temsirolimus-резистентни клетки, третирани с (i) комбинация от Temsirolimus и EGFR инхибитор Sapitinib или (ii) Temsirolimus самостоятелно; (D) Резистентни на пазопаниб клетки, третирани с (i) комбинация от Pazopanib и EGFR инхибитор Sapitinib или (ii) Pazopanib самостоятелно. Прекъснатата линия съответства на едно лекарство, плътна линия - комбинация.

Жизнеспособност на NGP-127 клетки, третирани с различни комбинации от целеви лекарства: (A) Сорафениб с фосфолипаза С инхибитор U73122; (В) Пазопаниб с инхибитор на фосфолипаза С U73122; и (C) NGP-127 клетъчни линии, адаптирани към Pazopanib и третирани с (i) комбинация от Pazopanib и EGFR инхибитор Sapitinib или (ii) Pazopanib самостоятелно. Прекъснатата линия съответства на едно лекарство, плътна линия - комбинация.

Ras пътът беше хиперактивиран в резистентни на Sorafenib SKOV-3 клетки. Пътят е визуализиран с помощта на софтуера Oncobox. Пътят е показан като взаимодействаща мрежа, където зелените стрелки показват активиране, а червените стрелки показват инхибиране. Дълбочината на цветовете на всеки възел на мрежата съответства на логаритмите на скоростта на изразяване на случая към нормалното (CNR) за всеки възел, където „нормално“ е геометрична средна стойност между непокътнатите клетки SKOV3, скалата представлява степен на регулиране нагоре/надолу. Молекулните мишени на Sorafenib и U73122 са показани с черни стрелки. Предвижданият байпас на възлите, насочени от Сорафениб, е показан с удебелени стрелки.

Резюме

ракова

Цялостен дизайн на изследването. (А) Адаптиране на клетъчните линии към целевите лекарства. (Б) Биоинформатичен тръбопровод за намиране на комбинации от целеви лекарства.

Разпределение на стойностите на PAS във времето. (А) Изграден е график за плътност за всяка клетъчна линия за всяко лекарство и за всеки времеви момент. Всяка крива показва плътност на силата на активиране на пътя за 378 сигнални пътеки. Графиките за плътност са изградени с помощта на решетъчен пакет R (B, C). Стандартно отклонение на стойностите на PAS за клетки SKOV-3 (B) и NGP-127 (C), третирани с целеви лекарства за 1 до 4 месеца.

Жизнеспособност на SKOV-3 и NGP-127 клетки, третирани с различни концентрации на целеви лекарства: (A) Akt инхибитор Afuresertib; (B) EGFR и ErbB инхибитор Sapitinib; (С) инхибитор на фосфолипаза С U73122; и (D) инхибитор на прореза FLI-06. Жизнеспособността и IC50 са измерени с тест МТТ (3- [4,5-диметилтиазол-2-ил] -2,5-дифенилтетразолиев бромид).

Примери за антагонистичен (А), адитивен (В) и синергичен (С) ефект на комбинации инхибитор/лекарство. Прекъснатата линия съответства на едно лекарство, плътна линия - комбинация. Оцеляването на клетките, подложени на комбинация от лекарства, се нормализира чрез жизнеспособността на клетките, третирани с лекарството, използвано в постоянна концентрация. Например, жизнеспособността на SKOV-3 клетки, подложени на Sorafenib и Afuresertib, е разделена на жизнеспособността на SKOV-3 клетки, подложени на IC20 само на Afuresertib.

Жизнеспособност на наивни SKOV-3 клетки, третирани с различни комбинации от целеви лекарства: (А - С), съответно сунитиниб, еверолимус или темсиролимус, в комбинация с инхибитор на Notch FLI-06 или самостоятелно; (D) Пазопаниб в комбинация с mTOR инхибитор Temsirolimus; (E, F) Sorafenib или Sunitinib, съответно, в комбинация с Akt инхибитор Afuresertib или самостоятелно. Прекъснатата линия съответства на едно лекарство, плътна линия - комбинация.

Жизнеспособност на целеви резистентни към SKOV-3 клетки, третирани с различни комбинации от целеви лекарства: (A) резистентни на сорафениб клетки, третирани с (i) комбинация от фосфолипаза С инхибитор U73122 и сорафениб или (ii) самостоятелно сорафениб; (B) устойчиви на сунитиниб клетки, третирани с (i) комбинация от EGFR инхибитор Sapitinib и Sunitinib или (ii) самостоятелно Sunitinib; (C) Temsirolimus-резистентни клетки, третирани с (i) комбинация от Temsirolimus и EGFR инхибитор Sapitinib или (ii) Temsirolimus самостоятелно; (D) Резистентни на пазопаниб клетки, третирани с (i) комбинация от Pazopanib и EGFR инхибитор Sapitinib или (ii) Pazopanib самостоятелно. Прекъснатата линия съответства на едно лекарство, плътна линия - комбинация.

Жизнеспособност на NGP-127 клетки, третирани с различни комбинации от целеви лекарства: (A) Сорафениб с фосфолипаза С инхибитор U73122; (В) Пазопаниб с инхибитор на фосфолипаза С U73122; и (C) NGP-127 клетъчни линии, адаптирани към Pazopanib и третирани с (i) комбинация от Pazopanib и EGFR инхибитор Sapitinib или (ii) Pazopanib самостоятелно. Прекъснатата линия съответства на едно лекарство, плътна линия - комбинация.

Ras пътът беше хиперактивиран в резистентни на Sorafenib SKOV-3 клетки. Пътят е визуализиран с помощта на софтуера Oncobox. Пътят е показан като взаимодействаща мрежа, където зелените стрелки показват активиране, а червените стрелки показват инхибиране. Дълбочината на цветовете на всеки възел на мрежата съответства на логаритмите на скоростта на изразяване на случая към нормалното (CNR) за всеки възел, където „нормално“ е геометрична средна стойност между непокътнатите клетки SKOV3, скалата представлява степен на регулиране нагоре/надолу. Молекулните мишени на Sorafenib и U73122 са показани с черни стрелки. Предвижданият байпас на възлите, насочени от Сорафениб, е показан с удебелени стрелки.