Аминокиселинни последователности от характеризирани тревни дефензини. Цистеиновите остатъци са оцветени в жълто, докато идентичните аминокиселини са оцветени в циан. Цикли, определени като области между цистеиновите остатъци [41] и позицията на β-нишките (жълто) и α-спиралата (червено) са посочени под фигурата. Черната рамка граничи с γ-сърцевината.

безплатни

3D структурата на дефензините: (A) пшеничен γ1-пуротионин (PDB 1GPS), (B) ечемичен γ-хордотионин (PDB 1GPT), (C) царевица ZmD32 (PDB 6DMZ), (D) захарна тръстика Sd5 (PDB 2KSK), (E) ориз OsAFP1 (PDB 6LCQ). Дисулфидните връзки са показани с тънки линии. N- и С-краищата са обозначени съответно с N и С. Вторичните структурни елементи се означават с α за α-спирала и β за β-верига.

Филогенетично дърво на тревата defensins и defensin-like (DEFL) пептиди. Аминокиселинните последователности на зрелите DEFL са използвани за изграждане на филогенетично дърво със софтуера MEGA X [88]. DEFL на Triticum spp. и Aegilops tauschii са маркирани със сини квадратчета, докато тези на Panicum spp. и Setaria spp. са маркирани съответно с розови и цианови квадратчета. DEFLs на O. sativa са маркирани със светлозелени кръгове, Z. mays с червено, Sorghum bicolor с жълто, H. vulgare с виолетово, Avena sativa с оранжево, B. distachyon със зелено, L. arenarius с кафяво, E. crus- гали с черно и Saccharum spp. с бели кръгове. Използват се следните съкращения: TK— T. kiharae; TRITD— T. turgidum; ТРИУА— Т. урарту; ПШЕНИЦА - T. aestivum; AEGTS - Aegilops tauschii ssp. удушени; AEGTA— A. tauschii ssp. tauschii; AVESA— Avena sativa; SETIT - Setaria italica; СЕТВИ— S. viridis; ПОАЛ - Panicum hallii; ПАНМИ— P. miliaceum; ЦАРУВКА - Z. mays; LA - L. arenarius; ОС— O. sativa; HORVV— H. vulgare; СОРБИ - био сорго; БРАДИ— Б. дистахион; ТАКА - Saccharum spp. Забележка: * и X маркират DEFL последователности с идентични зрели пептиди в (*) и между (X) видове трева (виж таблици S3 и S4). Буутстрапирането беше извършено 1000 пъти, за да се получат стойности на поддръжка за всеки клон.

3D моделите на структурата на сорго дефензини (A) Sialpha1 и (B) Sialpha2 с γ-хордотионин (PDB 1GPT) и γ1-пуротионин (PDB 1GPS) като шаблони, съответно; ориз дефензин (C) OsDEF8 с ZmD32 (PDB 6DMZ) като шаблон; царевични дефензини (D) γ1-зеатионин с γ1-пуротионин (PDB 1GPS) като шаблон; (E) γ2-зеатионин и (F) ZMES1 с γ-хордотионин (PDB 1GPT) като шаблон; (G) ZmDEF1 с ZmD32 (PDB 6DMZ) като шаблон; лаймна трева дефенсин (H) La-D4 с γ1-пуротионин (PDB 1GPS) като шаблон; и дефенсин (I) Ec-AMP-D1 от трева за кошара с ZmD32 (PDB 6DMZ) като шаблон. Моделирането беше проведено с помощта на SWISS-MODEL [91]. Дисулфидните връзки са показани с тънки линии. N- и С-краищата са обозначени съответно с N и С. Вторичните структурни елементи се означават с α за α-спирала и β за β-верига.

Подравняване на последователността на тревните дефензини с противогъбична активност. За сравнение са включени Defensins MtDef4, RsAFP1 и AtPDF2.3. Цистеиновите остатъци са оцветени в жълто, докато идентичните аминокиселини са оцветени в циан. Функционално значимите остатъци са подчертани в червено [25, 79, 94, 95, 98, 99]. Подчертани са регионите, важни за противогъбичната дейност. Положението на β-нишките (жълто) и α-спиралата (червено) са посочени под фигурата. Черната рамка граничи с γ-сърцевината. Стойностите на заряда на γ-сърцевината са показани вдясно. Символът # вляво показва пептиди, притежаващи както противогъбично, така и антибактериално действие.

Подравняване на последователността на тревните дефензини с блокираща активност на йонните канали. За сравнение са включени MsDef1 и AtPDF2.3 дефензини. Цистеиновите остатъци са оцветени в жълто, докато идентичните аминокиселини са оцветени в циан. Функционално значимите остатъци са подчертани в червено [53, 54]. Положението на β-нишките (жълто) и α-спиралата (червено) са посочени под фигурата. Черната рамка граничи с γ-сърцевината. Стойностите на заряда на γ-сърцевината са показани вдясно.

Подравняване на последователността на тревните дефензини с инхибиторна активност на а-амилазата. VrD1, VuD1 и TvD1 defensins са включени за сравнение. Цистеиновите остатъци са оцветени в жълто, докато идентичните аминокиселини са оцветени в циан. Функционално значимите остатъци са подчертани в червено [51]. Положението на β-нишките (жълто) и α-спиралата (червено) са посочени под фигурата. Черната рамка граничи с γ-сърцевината. Стойностите на заряда на γ-сърцевината са показани вдясно.

Резюме

Аминокиселинни последователности от характеризирани тревни дефензини. Цистеиновите остатъци са оцветени в жълто, докато идентичните аминокиселини са оцветени в циан. Цикли, определени като области между цистеиновите остатъци [41] и позицията на β-нишките (жълто) и α-спиралата (червено) са посочени под фигурата. Черната рамка граничи с γ-сърцевината.

3D структурата на дефензините: (A) пшеничен γ1-пуротионин (PDB 1GPS), (B) ечемичен γ-хордотионин (PDB 1GPT), (C) царевица ZmD32 (PDB 6DMZ), (D) захарна тръстика Sd5 (PDB 2KSK), (E) ориз OsAFP1 (PDB 6LCQ). Дисулфидните връзки са показани с тънки линии. N- и С-краищата са обозначени съответно с N и С. Вторичните структурни елементи се означават с α за α-спирала и β за β-верига.

Филогенетично дърво на тревата defensins и defensin-like (DEFL) пептиди. Аминокиселинните последователности на зрелите DEFL са използвани за изграждане на филогенетично дърво със софтуера MEGA X [88]. DEFL от Triticum spp. и Aegilops tauschii са маркирани със сини квадрати, докато тези на Panicum spp. и Setaria spp. са маркирани съответно с розови и цианови квадратчета. DEFLs на O. sativa са маркирани със светлозелени кръгове, Z. mays с червено, Sorghum bicolor с жълто, H. vulgare с виолетово, Avena sativa с оранжево, B. distachyon със зелено, L. arenarius с кафяво, E. crus- гали с черно и Saccharum spp. с бели кръгове. Използват се следните съкращения: TK— T. kiharae; TRITD— T. turgidum; ТРИУА— Т. урарту; ПШЕНИЦА - T. aestivum; AEGTS - Aegilops tauschii ssp. удушени; AEGTA— A. tauschii ssp. tauschii; AVESA— Avena sativa; SETIT - Setaria italica; СЕТВИ— S. viridis; ПОАЛ - Panicum hallii; ПАНМИ— P. miliaceum; ЦАРУВКА - Z. mays; LA - L. arenarius; ОС— O. sativa; HORVV— H. vulgare; СОРБИ - биологичен сорго; БРАДИ— Б. дистахион; ТАКА - Saccharum spp. Забележка: * и X маркират DEFL последователности с идентични зрели пептиди в (*) и между (X) видове трева (виж таблици S3 и S4). Буутстрапирането беше извършено 1000 пъти, за да се получат стойности на поддръжка за всеки клон.

3D моделите на структурата на сорго дефензини (A) Sialpha1 и (B) Sialpha2 с γ-хордотионин (PDB 1GPT) и γ1-пуротионин (PDB 1GPS) като шаблони, съответно; ориз дефензин (C) OsDEF8 с ZmD32 (PDB 6DMZ) като шаблон; царевични дефензини (D) γ1-зеатионин с γ1-пуротионин (PDB 1GPS) като шаблон; (E) γ2-зеатионин и (F) ZMES1 с γ-хордотионин (PDB 1GPT) като шаблон; (G) ZmDEF1 с ZmD32 (PDB 6DMZ) като шаблон; лаймна трева дефенсин (H) La-D4 с γ1-пуротионин (PDB 1GPS) като шаблон; и дефенсин (I) Ec-AMP-D1 от трева за кошара с ZmD32 (PDB 6DMZ) като шаблон. Моделирането беше извършено с помощта на SWISS-MODEL [91]. Дисулфидните връзки са показани с тънки линии. N- и С-краищата са обозначени съответно с N и С. Вторичните структурни елементи се означават с α за α-спирала и β за β-верига.

Подравняване на последователността на тревните дефензини с противогъбична активност. За сравнение са включени Defensins MtDef4, RsAFP1 и AtPDF2.3. Цистеиновите остатъци са оцветени в жълто, докато идентичните аминокиселини са оцветени в циан. Функционално значимите остатъци са подчертани в червено [25, 79, 94, 95, 98, 99]. Подчертани са регионите, важни за противогъбичната дейност. Положението на β-нишките (жълто) и α-спиралата (червено) са посочени под фигурата. Черната рамка граничи с γ-сърцевината. Стойностите на заряда на γ-сърцевината са показани вдясно. Символът # вляво показва пептиди, притежаващи както противогъбично, така и антибактериално действие.

Подравняване на последователността на тревните дефензини с блокираща активност на йонните канали. За сравнение са включени MsDef1 и AtPDF2.3 дефензини. Цистеиновите остатъци са оцветени в жълто, докато идентичните аминокиселини са оцветени в циан. Функционално значимите остатъци са подчертани в червено [53, 54]. Положението на β-нишките (жълто) и α-спиралата (червено) са посочени под фигурата. Черната рамка граничи с γ-сърцевината. Стойностите на заряда на γ-сърцевината са показани вдясно.

Подравняване на последователността на тревните дефензини с инхибиторна активност на а-амилазата. VrD1, VuD1 и TvD1 defensins са включени за сравнение. Цистеиновите остатъци са оцветени в жълто, докато идентичните аминокиселини са оцветени в циан. Функционално значимите остатъци са подчертани в червено [51]. Положението на β-нишките (жълто) и α-спиралата (червено) са посочени под фигурата. Черната рамка граничи с γ-сърцевината. Стойностите на заряда на γ-сърцевината са показани вдясно.