Принадлежности

  • 1 Федерален изследователски център Институт по цитология и генетика SB RAS, Ave Lavrentieva 10, Novosibirsk, Russian Federation, 630090. [email protected].
  • 2 Новосибирски държавен университет, ул. Пирогова 2, Новосибирск, Руска федерация, 630090. [email protected].
  • 3 Федерален изследователски център Институт по цитология и генетика SB RAS, Ave Lavrentieva 10, Novosibirsk, Russian Federation, 630090.
  • 4 Новосибирски държавен университет, ул. Пирогова 2, Новосибирск, Руска федерация, 630090.
  • 5 Южноафрикански национален институт по биоинформатика/SAMRC звено за развитие на капацитета за биоинформатика, Университет на Западен Кейп, Кейптаун, 7535, Южна Африка.
  • PMID: 30871540
  • PMCID: PMC6417164
  • DOI: 10.1186/s12920-019-0491-x
Безплатна статия от PMC

Автори

Принадлежности

  • 1 Федерален изследователски център Институт по цитология и генетика SB RAS, Ave Lavrentieva 10, Novosibirsk, Russian Federation, 630090. [email protected].
  • 2 Новосибирски държавен университет, ул. Пирогова 2, Новосибирск, Руска федерация, 630090. [email protected].
  • 3 Федерален изследователски център Институт по цитология и генетика SB RAS, Ave Lavrentieva 10, Novosibirsk, Russian Federation, 630090.
  • 4 Новосибирски държавен университет, ул. Пирогова 2, Новосибирск, Руска федерация, 630090.
  • 5 Южноафрикански национален институт по биоинформатика/SAMRC звено за развитие на капацитета за биоинформатика, Университет на Западен Кейп, Кейптаун, 7535, Южна Африка.

Резюме

Заден план: Генът за мастна маса и свързан със затлъстяването (FTO) е бил под строго разследване от откриването на голямото му въздействие върху състоянието на затлъстяването през 2007 г. от редица публикации. Неотдавнашен доклад за неговото въздействие върху адипоцитите подчерта неговата молекулярна и функционална механика в патологията. И все пак, специфичните за популацията характеристики на локусната структура не са били разглеждани подробно.

високия

Методи: Ние анализирахме специфичните за популацията хаплотипни профили на геномния локус на FTO, идентифицирани от проучванията на Genome Wide Association (GWAS) за висок риск от затлъстяване, като изследвахме осемнадесет 1000G популации от 4 континентални групи. Клъстерът GWAS SNPs е разположен в интрона 1 на гена на FTO, обхващащ около 70 kb.

Резултати: Реконструирахме прародителното състояние на локуса, което включваше нискорисков основен алел, открит във всички популации, и два незначителни алела, свързани с риска, съответно всеки специфичен за африканските и европейските популации. Локусната структура и нейното разпределение по честота на алелите подчертават високорисковата честота на алелите, специално за европейското население. Популациите от Южна Азия имат втората най-висока честота на алелите на риска, докато популациите от Източна Азия имат най-ниска. Африканският популационен малък алел е бил само частично свързан с риска. Всички разгледани SNP на GWAS се проявяват чрез алели с нисък риск като референтни (основни) (p> 0,5) във всяка от континенталните групи. Поразително е, че rs1421085, наскоро докладван като причинен SNP, беше установено, че е мономорфен в предците (африкански) популации, което предполага възможна селекция по време на бързото му фиксиране, както се съобщава по-рано.

Заключение: Наблюденията подчертават различен риск, свързан с FTO, при проявата на специфична за популацията епидемиология на генетично обвързано затлъстяване. Резултатите показват, че локусът на FTO е един от основните генетични детерминанти за риска от затлъстяване от GWAS SNPs.

Ключови думи: FTO ген; Геномика; Хаплотипове; Затлъстяване; Популационна генетика.