Институт за еволюция и морско биоразнообразие, Китайски океански университет, Кингдао, Китай

анализи

Катедра по генетика и развитие, Медицински център на Колумбийския университет, Ню Йорк, Ню Йорк

Институт за еволюция и морско биоразнообразие, Китайски океански университет, Кингдао, Китай

Институт за еволюция и морско биоразнообразие, Китайски океански университет, Кингдао, Китай

Ключова лаборатория по марикултура (Министерство на образованието), Китайски университет в Океан, Кингдао, Китай

Кореспонденция

Фън Гао, Институт за еволюция и морско биоразнообразие, Китайски океански университет, Кингдао, Китай.

Институт за еволюция и морско биоразнообразие, Китайски океански университет, Кингдао, Китай

Катедра по компютърни науки и информационни системи, университет Брадли, Пеория, Илинойс

Департамент по биология, Университет Брадли, Пеория, Илинойс

Катедра по генетика и развитие, Медицински център на Колумбийския университет, Ню Йорк, Ню Йорк

Департамент по биологични науки, Смит колеж, Нортхамптън, Масачузетс

Институт за еволюция и морско биоразнообразие, Китайски океански университет, Кингдао, Китай

Лаборатория по морска биология и биотехнологии, Циндао Национална лаборатория по морска наука и технологии, Кингдао, Китай

Институт за еволюция и морско биоразнообразие, Китайски океански университет, Кингдао, Китай

Катедра по генетика и развитие, Медицински център на Колумбийския университет, Ню Йорк, Ню Йорк

Институт за еволюция и морско биологично разнообразие, Китайски океански университет, Кингдао, Китай

Институт за еволюция и морско биоразнообразие, Китайски океански университет, Кингдао, Китай

Ключова лаборатория по марикултура (Министерство на образованието), Китайски океански университет, Кингдао, Китай

Кореспонденция

Фън Гао, Институт за еволюция и морско биоразнообразие, Китайски океански университет, Кингдао, Китай.

Институт за еволюция и морско биоразнообразие, Китайски океански университет, Кингдао, Китай

Катедра по компютърни науки и информационни системи, университет Брадли, Пеория, Илинойс

Департамент по биология, Университет Брадли, Пеория, Илинойс

Катедра по генетика и развитие, Медицински център на Колумбийския университет, Ню Йорк, Ню Йорк

Департамент по биологични науки, Смит колеж, Нортхамптън, Масачузетс

Институт за еволюция и морско биоразнообразие, Китайски океански университет, Кингдао, Китай

Лаборатория по морска биология и биотехнологии, Циндао Национална лаборатория по морска наука и технологии, Кингдао, Китай

Декларация за наличност на данни: Всички данни за последователността на Illumina се депозират в NCBI Short Read Archive (SRA), под BioProject PRJNA474770. Euplotes vannus Налични са MAC и MIC геномни сборки и данни за генни анотации, включително кодиращи региони и прогнозирани протеинови последователности на Euplotes vannus DB (EVDB, http://evan.ciliate.org). Персонализираните скриптове са достъпни на GitHub (https://github.com/seanchen607/Evannus).

Вход за институция
Влезте в онлайн библиотеката на Wiley

Ако преди това сте получили достъп с личния си акаунт, моля, влезте.

Закупете незабавен достъп
  • Вижте статията PDF и всички свързани с нея добавки и цифри за период от 48 часа.
  • Статията не може да бъде отпечатана.
  • Статията не може да бъде изтеглена.
  • Статията не може да бъде преразпределена.
  • Неограничен преглед на PDF статията и всички свързани с нея добавки и цифри.
  • Статията не може да бъде отпечатана.
  • Статията не може да бъде изтеглена.
  • Статията не може да бъде преразпределена.
  • Неограничен преглед на статията/глава PDF и всички свързани с тях добавки и фигури.
  • Статия/глава може да бъде отпечатана.
  • Статия/глава може да се изтегли.
  • Статия/глава не могат да бъдат преразпределени.

Резюме

Като модел на организма за изследване на клетъчна биология и биология на околната среда, свободно живеещата и космополитна ресничка Euplotes vannus показва интригуващи характеристики като архитектура с двоен геном (т.е. отделни зародишни линии и соматични ядра във всяка клетка/организъм), хромозоми с размер на гена, спиране на преназначаването на кодон, програмирано рибозомно преместване на рамки (PRF) и силна устойчивост на стресови фактори от околната среда. Молекулярните механизми, които отчитат тези забележителни черти, обаче остават до голяма степен неизвестни. Тук докладваме комбиниран анализ на сглобени висококачествени макроядрени (MAC; т.е. соматични) и частични микроядрени (MIC; т.е. зародишна линия) геномни последователности за E. vannus, и данни за профилиране на транскриптом при различни условия. Резултатите показват, че: (а) MAC геномът съдържа повече от 25 000 пълни „геноразмерни“ нанохромозоми (

85 Mb хаплоиден размер на генома) с N50

2,7 kb; (б) въпреки че има висока честота на преместване на рамки при стоп кодони UAA и UAG, не наблюдаваме нарушено изобилие от транскрипти в резултат на PRF при този вид, както е съобщено за други еуплотиди; (в) мотивът на последователността 5'-TA-3 'се запазва на почти всички вътрешно елиминирани граници на последователността (IES) в генома на MIC, а местата за счупване на хромозомите (CBS) се дублират и задържат в генома на MAC; (г) чрез профилиране на претеглената корелационна мрежа от гени в MAC при различни стресови фактори на околната среда, включително недостиг на хранителни вещества, екстремна температура, соленост и наличие на амоняк, ние идентифицирахме генни клъстери, които реагират на тези външни физически или химични стимули, и (д ) наблюдавахме драстично увеличение на транскрипцията на гена HSP70 при соленост и химически стрес, но изненадващо, не при температурни промени; ние свързваме тази температурна устойчивост с еволюиралата загуба на чувствителни към температурния стрес елементи в регулаторните региони. Заедно с геномните ресурси, генерирани в това проучване, които са достъпни онлайн на Euplotes vannus База данни за генома (http://evan.ciliate.org), тези данни предоставят молекулярни доказателства за разбиране на уникалната биология на силно адаптивни микроорганизми.

Описание на името на файла
men13023-sup-0001-Supinfo.pdf PDF документ, 1.9 MB
men13023-sup-0002-TableS4.xlsxapplication/xlsx, 752.9 KB
men13023-sup-0003-TableS5.xlsxapplication/xlsx, 7.2 MB
men13023-sup-0004-TableS6.xlsxapplication/xlsx, 2.8 MB
men13023-sup-0005-TableS7.xlsxapplication/xlsx, 36,6 KB

Моля, обърнете внимание: Издателят не носи отговорност за съдържанието или функционалността на която и да е поддържаща информация, предоставена от авторите. Всички заявки (различни от липсващо съдържание) трябва да бъдат насочени към съответния автор на статията.