GitHub е дом на над 50 милиона разработчици, които работят заедно за хостване и преглед на код, управление на проекти и изграждане на софтуер заедно.

деца

GitHub е мястото, където светът създава софтуер

Милиони разработчици и компании изграждат, доставят и поддържат своя софтуер на GitHub - най-голямата и най-модерна платформа за развитие в света.

Използвайте Git или плащане с SVN, като използвате уеб URL адреса.

Работете бързо с нашия официален CLI. Научете повече.

Стартиране на GitHub Desktop

Ако нищо не се случи, изтеглете GitHub Desktop и опитайте отново.

Стартиране на GitHub Desktop

Ако нищо не се случи, изтеглете GitHub Desktop и опитайте отново.

Стартиране на Xcode

Ако нищо не се случи, изтеглете Xcode и опитайте отново.

Стартиране на Visual Studio

Последен ангажимент

Git статистика

Файлове

Неуспешно зареждане на последната информация за фиксиране.

README.md

Криви на растежа: предсказване на детското затлъстяване

Статистически модели на кривите на растеж на децата, които предсказват кои деца са изложени на риск от затлъстяване.

Това е проект, който е част от стипендията 2013 Science Science for Social Good в партньорство с болница NorthShore.

Проблемът: епидемия от затлъстяване

Затлъстяването е бързо нарастваща епидемия в САЩ. Повече от една трета от възрастните американци са със затлъстяване, а друга трета са с наднормено тегло. Ако тази тенденция се запази, 42% от възрастните американци ще са със затлъстяване до 2030 г. (Finkleson et al., 2012), което прави затлъстяването водещото предизвикателство за общественото здраве на нашето време.

Прекомерното тегло е вредно за здравето, портфейла и психиката на хората. Затлъстелите възрастни са изложени на повишен риск от дълъг списък от заболявания, от сърдечни заболявания до диабет до рак. Затлъстяването също оказва натиск върху и без това ограничените бюджети за здравеопазване - средно възрастните със затлъстяване имат медицински сметки, които са с 42% по-високи от тези на възрастните с нормално тегло (Finkelstein et al. 2009).

С наднорменото тегло е трудно да се справим, след като потъне, така че медицинските експерти смятат, че ранната профилактика е най-обещаващият метод за спиране на епидемията от затлъстяване. Това е така, защото физическите упражнения и доброто хранене могат да предпазят децата от затлъстяване на първо място.

Но как можем да предскажем кои деца са изложени на риск от затлъстяване, докато растат, за да можем да се намесим, преди да е станало късно?

Решението: прогнозно моделиране с използване на електронни медицински досиета

Работейки със здравната система на NorthShore University в Еванстън, предградие на Чикаго, искахме да определим дали можем да намерим модели в траекторията на растеж на детето, които могат да показват, че то или тя е изложено на риск от затлъстяване по-късно. Почти на всички деца се измерват и записват редовно височината и теглото, когато посещават своя педиатър. Съществуват ли сигнали за ранно предупреждение в тези вездесъщи и рутинно събирани данни?

За да открием тези модели, получихме анонимизирани електронни медицински записи от NorthShore за измерванията на височината, теглото и индекса на телесна маса (ИТМ) на млади пациенти през годините. (ИТМ е начин за проследяване на телесните мазнини, изчислено от теглото на човека (в килограми), разделено на ръста на човека (в метри) на квадрат.)

Искахме да открием дали някое от тези деца е имало физически феномен, наречен отскок на затлъстяване, когато ИТМ на детето спадне и се възстанови между 5 и 6 години (Whitaker et al., 1998; Williams and Goulding, 2009). Малкомащабни проучвания предполагат, че отскокът на ранното затлъстяване е свързан с повишен риск от затлъстяване при възрастни. Искахме да разберем дали този феномен присъства в популацията от пациенти на NortShore и може ли да бъде открит в рутинно събрани електронни медицински досиета.

Проектът има три компонента. Кодът на Python за тази работа може да бъде намерен в кода .

Почистване на измерванията на растежа и изчисляване на процентили

В кода/init_processing/първо почистваме измерванията на растежа на EMR на NortShore, като задържаме хората с достатъчно точки от данни и премахваме крайни отклонения. След това обобщаваме измерванията в процентили за всеки пол. Ние също така изолираме подгрупи от популацията, която ни интересува (напр. Деца, които са били със затлъстяване на 5-годишна възраст).

Визуализиране на кривите на растеж

В кода/визуализирането нанасяме процентилите под формата на диаграми на растежа. Също така можем да сравним нашите диаграми за растеж с диаграми за растеж от Центъра за контрол на заболяванията (CDC).

Анализиране на възстановяването на затлъстяването при деца

В code/adiposity_rebound се опитваме да открием отскок на затлъстяване при всички пациенти на NortShore, чиито криви на растеж се простират след 5-годишна възраст (поради наличните данни за EMR). След това провеждаме линейни регресии и установяваме, че възрастта при отскачане на затлъстяването е статистически значим предиктор за крайния процентил на ИТМ на детето и следователно за риска от затлъстяване.

Данните: измервания на растежа на децата

NorthShore ни предостави измервания на ръста и теглото на над 23 000 деидентифицирани деца. EMR системите на NorthShore уловиха тези записи през последните 6 години. Данните изглеждат така:

id пол race_ethnicity възраст bmi ht wt
1 F Кавказки 10 28.4 59.3 142
1 F Кавказки 11. 29.3 61.2 156
2 М афроамериканец 4.04 17.9 42.5 46
2 М афроамериканец 5.05 17.58 45.6 52

Разполагаме с пола, расата и етносите на пациентите, заедно с измерванията на техния ръст, тегло и ИТМ на различни възрасти, от 0 до 19 години.

Поради чувствителния характер на тези медицински данни не можем да ги споделяме публично. Ако се интересувате от работа с нас, моля свържете се.

Въпреки това, ние сме в състояние да предоставим данни за височината, теглото и ИТМ, използвани от американския Център за контрол и профилактика на заболяванията (CDC) за техните графики за растеж. Тези референтни данни могат да бъдат намерени на data/csv/CDC_data.csv

figure/for_wiki/съдържа цифри за wiki за нашия проект.

Първо ще трябва да клонирате репото.

След това ще трябва да инсталирате зависимостите на python, като стартирате pip install -r requirements.txt

Принос към проекта

Finkelstein, E.A., Trogdon, J.G., Cohen, J.W., и Dietz., W., 2009. Годишни медицински разходи, свързани с наднорменото тегло: Прогнози за конкретни плащащи и услуги. Здравни въпроси, 28 (5): w822-31.

Finkelstein, EA, Khavjou, OA, Thompson, H., Trogdon, JG, Pan, L., Sherry, B. и Dietz, W., 2012. Прогнозите за затлъстяването и тежкото затлъстяване до 2030 г. American Journal of Preventive Medicine, 42 (6): 563-570.

Whitaker R.C., Pepe M.S., Wright J.A., Seidel K.D. и Dietz W.H., 1998. Ранното възстановяване на затлъстяването и рискът от затлъстяване при възрастни. Педиатрия, 101 (3): e5.

Уилямс, С.М. и Goulding, A, 2009. Модели на растеж, свързани с времето на отскачане на затлъстяването. Затлъстяване, 17 (2): 335-41.

С настоящото се дава разрешение безплатно на всяко лице, което получава копие от този софтуер и свързаните с него файлове с документация („Софтуерът“), да се занимава със Софтуера без ограничения, включително без ограничение правата за използване, копиране, модифициране, сливане, публикува, разпространява, сублицензира и/или продава копия на Софтуера и позволява на лицата, на които е предоставен Софтуерът, да го правят при спазване на следните условия:

Горното известие за авторските права и това известие за разрешение ще бъдат включени във всички копия или значителни части на Софтуера.

СОФТУЕРЪТ СЕ ПРЕДОСТАВЯ "КАКВИ Е", БЕЗ ГАРАНЦИЯ ОТ ВСЯКАКВА ИЗРИЧНА ИЛИ ИМПЛИКЦИОННА, ВКЛЮЧВАЩО, НО НЕ ОГРАНИЧЕНО ДО ГАРАНЦИИТЕ ЗА ТЪРГОВОСТ, ПРИЛОЖНОСТ ЗА КОНКРЕТНА ЦЕЛ И НЕОТКАЗ. В НИКАКЪВ СЛУЧАЙ АВТОРИТЕ ИЛИ ПРИТЕЖАТЕЛИТЕ НА АВТОРСКИТЕ ПРАВА НЕ СА ОТГОВОРНИ ЗА ВСЯКА ИСКОВА ИМАТА, ЩЕТИ ИЛИ ДРУГА ОТГОВОРНОСТ, ДАЛИ В ДЕЙСТВИЕ НА ДОГОВОР, ИЗВЪРШВАНЕ ИЛИ ИНАЧЕ, ИЗТИЧАЩИ ОТ, ИЛИ ВЪВ ВРЪЗКА С СОФТУЕРА ИЛИ ИЗПОЛЗВАНЕТО ИЛИ ДРУГИТЕ СДЕЛКИ СОФТУЕР.

относно

Статистически модели на кривите на растеж на децата, които предсказват кои деца са изложени на риск от затлъстяване.