Асистент по медицина (хематология) и по генетика

Медицина - хематология

Уеб страница: http://bhattlab.com

В постоянното страхопочитание за това как „простите“ микробни организми могат да нарушат сложните, многоклетъчни еукариотни организми, Ами Бхат е избрала да посвети своята изследователска програма на инспектиране, характеризиране и дисекция на микробно-човешкия интерфейс. Никъде взаимодействието между гостоприемници и микроби не е по-въздействащо, отколкото при имунокомпрометирани гостоприемници и глобални условия, при които излагането на инфекции и околната среда води до драстични и понякога фатални последици за здравето.

профили

Групата на Ами идентифицира проблеми и въпроси, които възникват в хода на рутинната клинична помощ. Често в сътрудничество с изследователи от Станфорд и извън него, групата прилага съвременни генетични, молекулярни и изчислителни техники, за да търси отговори на тези въпроси, да разбере по-добре взаимодействията между гостоприемника и микробите и да дешифрира как нарушаването на тези взаимодействия може да доведе до фенотипи на човешкото заболяване.

Клиничен фокус

Академични назначения

Административни назначения

Отличия и награди

Съвети, Консултативни комитети, Професионални организации

Професионално образование

Общностна и международна работа

Тема

Подобряване на резултатите от рака в бедните условия

Обслужвани популации

Пациенти с рак в ограничени ресурси

Местоположение

Текущ проект

Възможности за включване на ученици

Контакт

Допълнителна информация

Връзки

Текущи изследвания и научни интереси

Нашата лаборатория се стреми да характеризира изчерпателно динамиката на микробиома при пациенти с неинфекциозни заболявания (рак, кардиометаболитна болест) и да изследва как промените в микробиома са свързани с клиничните резултати в тази популация.

Цели и цели на нашата лаборатория:
а) Стремим се да разберем по-добре какво правят микробните гени и как тези гени се регулират
б) Надяваме се да разберем дали промените в микробиома са свързани с фенотипите на човешкото заболяване.
в) Ако промените в микробиома са свързани с фенотипове на човешкото заболяване, разработете методи за модифициране на състава на микробиома или целеви специфични микробни генни продукти с надеждата за подобряване на тези фенотипове на болестта.

Клинични изпитвания

  • Единично сляпо проучване на единична доза пегинтерферон ламбда-1а в сравнение с плацебо при амбулаторни пациенти с леко набиране на COVID-19

Да се ​​оцени ефикасността на единична доза подкожни инжекции от 180 ug Peginterferon Lambda-1a, в сравнение с плацебо при намаляване на продължителността на вирусното отделяне на вируса на SARS-CoV-2 при пациенти с неусложнено заболяване COVID-19.

1703: Изследването е проектирано като рандомизирано, фаза III, многоцентрово проучване, сравняващо два режима на профилактика на остра присадка срещу гостоприемник (aGVHD): такролимус/метотрексат (Tac/MTX) спрямо циклофосфамид/такролимус/микофенолат мофетил (PTCy)/Tac/MMF) в условията на кондициониране с намалена интензивност (RIC) алогенна трансплантация на периферни кръвни стволови клетки (PBSC). 1801: Целта на този протокол е да се провери основната хипотеза, че микробиомното разнообразие на присадката предсказва едногодишна нерецидивна смъртност при пациенти, подложени на алогенна НСТ с намалена интензивност.

Това пилотно проучване от фаза I изследва страничните ефекти и най-добрата доза фруктоолигозахариди при лечение на пациенти с рак на кръвта, които са подложени на трансплантация на донорски стволови клетки. Понякога трансплантираните клетки от донор могат да направят имунен отговор срещу нормалните клетки на тялото (наречен заболяване присадка срещу гостоприемник). Хранителни добавки като фруктоолигозахариди могат да намалят честотата на заболяването присадка срещу гостоприемник при пациенти с рак на кръвта, подложени на трансплантация на донорски стволови клетки.

Понастоящем Станфорд не приема пациенти за това проучване. За повече информация, моля, свържете се с Кортни Грийн, 650-723-0387.

Целта на това проучване е да се оцени ефикасността на перорален фавипиравир плюс стандартно лечение (SOC) в сравнение с плацебо плюс SOC при намаляване на продължителността на отделяне на вируса на SARS-CoV2 при пациенти с лека или асимптоматична COVID-19.

Понастоящем Станфорд не приема пациенти за това проучване. За повече информация, моля, свържете се с екипа за проучване, 650-721-5805.

Проекти

Подобряване на грижите за рака, образованието и научните изследвания в ограничени ресурси чрез насърчаване на международно сътрудничество за технологично сътрудничество, споделяне на знания и научноизследователски капацитет (http://globalonc.org).

Местоположение

Сътрудници

  • Франклин Хуанг, инструктор по медицинска онкология, Институт за рак на Дана-Фарбер

За повече информация:

Патогеномна оценка на генетичните характеристики на гостоприемника и паразитите при плоскоклетъчен рак на пикочния мехур в Северна и Западна Африка (сътрудничество с проф. О. Хамам и изследователския институт Bilharz в Гиза, Египет).

Местоположение

Сътрудници

  • Олфат Хамам, професор, Изследователски институт Билхарц

Разработване на модерни молекулярни методи и изчислителни тръбопроводи за разбиране на таксономичното разпределение и представяне на биологичния път в общностите на микробите при пациенти, подложени на лечение за хематологични злокачествени заболявания.

Местоположение

Използване на сравнителни микробни геномни, микробиологични и генетични методи за определяне на механизмите на хипервирулентност при специфични известни или кандидат патогени, като Bacillus cereus и Bradyrhizobium enterica.

Местоположение

Сътрудници

  • Чану Рий, асоцииран лекар, Обща болница в Масачузетс

2020-21 Курсове

  • Разширен семинар по микробна молекулярна биология
    BIO 346, CSB 346, GENE 346 (Aut, Win, Spr)
  • Обучителен лагер по генетика и биология на развитието
    DBIO 200, GENE 200 (Aut)
  • Чревна микробиота в здравето и болестите
    BIOE 221G, MI 221 (Aut)
  • Независими изследвания (12)
    • Насочено четене в генетиката
      ГЕН 299 (Aut, Win, Spr)
    • Насочено четене в медицината
      MED 299 (Aut, Win, Spr, Sum)
    • Ранен клиничен опит в медицината
      MED 280 (Aut, Win, Spr, Sum)
    • Дипломирани изследвания
      ГЕН 399 (Win, Spr, Sum)
    • Дипломирани изследвания
      MED 399 (Aut, Win, Spr, Sum)
    • Дипломирани изследвания
      MI 399 (Aut, Win, Spr, Sum)
    • Изследвания на медицински учени
      ГЕН 370 (Aut, Win, Spr)
    • Изследвания на медицински учени
      MED 370 (Aut, Win, Spr, Sum)
    • Извън специалност Дипломни изследвания
      BIO 300X (Aut, Win, Spr)
    • Контролирано проучване
      ГЕН 260 (Aut, Win, Spr, Sum)
    • Бакалавърски изследвания
      ГЕН 199 (Aut, Win, Spr)
    • Бакалавърски изследвания
      MED 199 (Aut, Win, Spr, Sum)
  • Курсове от предходната година

    Курсове 2019-20

    • Разширен семинар по микробна молекулярна биология
      BIO 346, CSB 346, GENE 346 (Aut, Win, Spr)
    • Обучителен лагер по генетика и биология на развитието
      DBIO 200, GENE 200 (Aut)

    2018-19 Курсове

    • Разширен семинар по прокариотна молекулярна биология
      BIO 346, CSB 346, GENE 346 (Aut, Win, Spr)
    • Обучителен лагер по генетика и биология на развитието
      DBIO 200, GENE 200 (Aut)
    • Чревна микробиота в здравето и болестите
      BIOE 221G, ГЕН 208, MI 221 (Spr)

    2017-18 Курсове

    Станфорд съветва

    • Med Scholar Project Advisor
      Райън Брустър
    • Читател на докторска дисертация (AC)
      Бриана Крисман, Ребека Кълвър, Киоми Игараши, Брайън Мерил, Раджини Фансалкар, Апарна Раджпуркар
    • Спонсор на докторантски факултет
      Aravind Natarajan, Yishay Pinto, Patrick West, Soumaya Zlitni
    • Съветник по докторска дисертация (AC)
      Мат Дюрант, Брайон Фремин, Дилън Магини, Бен Сираносиан
    • Ко-съветник по докторска дисертация (AC)
      Алвин Хан, Ан Лин
    • Постдокторантски изследователски ментор
      Aravind Natarajan, Yishay Pinto, Patrick West, Soumaya Zlitni

    Дипломни и стипендиантски програми

    Всички публикации

    • Пълни, затворени бактериални геноми от микробиоми, използващи последователност от нанопори. Природна биотехнология Moss, E. L., Maghini, D. G., Bhatt, A. S. 2020

    Резюме

    Микробните геноми могат да бъдат събрани от кратко прочетени данни за секвениране, но съседството на тези сглобени метагеномни геноми се ограничава от повтарящи се елементи. Правилното определяне на геномни позиции на повторения е от решаващо значение за разбирането на ефекта от структурата на генома върху функцията на генома. Приложихме последователност от нанопори и нашия работен процес, наречен Lathe, който включва дълго четене на сбор и корекция на грешки при кратко четене, за да съберем затворени бактериални геноми от сложни микробиоми. Ние утвърдихме нашия подход със синтетична смес от 12 бактериални вида. Седем генома бяха напълно сглобени в единични контиги, а три генома бяха сглобени в четири или по-малко контиги. След това използвахме нашите методи за анализ на метагеномни данни от 13 проби от човешки изпражнения. Сглобихме 20 кръгли генома, включително геноми на Prevotella copri и кандидат Cibiobacter sp. Въпреки намалената точност на нуклеотидите в сравнение с алтернативните подходи за секвениране и сглобяване, нашите методи подобриха съседството, което позволява изследване на ролята на повтарящите се елементи в микробната функция и адаптация.

    Резюме

    Не съществува метод за измерване на широкомащабно транслация на гени в некултивирани организми в микробиоми. За да преодолеем това ограничение, ние разработваме MetaRibo-Seq, метод за едновременно профилиране на рибозоми от десетки до стотици организми в микробиомни проби. MetaRibo-Seq беше сравнен със златен стандарт Ribo-Seq в фалшива микробна общност и беше приложен към пет различни човешки фекални проби. За разлика от RNA-Seq, Ribo-Seq сигналът на предсказан ген предполага, че той кодира транслиран протеин. Демонстрираме две приложения на тази техника: Първо, MetaRibo-Seq идентифицира малки гени, чиято идентификация досега е била предизвикателна. Например, MetaRibo-Seq идентифицира 2 091 преведени, преди това необяснени малки семейства протеини от пет фекални проби, повече от удвоявайки броя на малките протеини, предвидени да съществуват в тази ниша. Второ, комбинираното приложение на RNA-Seq и MetaRibo-Seq идентифицира разликите в превода на транскриптите. В обобщение, MetaRibo-Seq дава възможност за изчерпателно транслационно профилиране в микробиоми и идентифицира необяснени преди това малки протеини.

    Резюме

    Мобилните генетични елементи (MGEs) допринасят за бактериалната адаптация и еволюция; Въпреки това, високопроизводителното, безпристрастно откриване на MGE остава предизвикателство. Ние описваме MGEfinder, биоинформатична кутия с инструменти, която идентифицира интегриращи MGE и техните места за вмъкване, като използваме кратко прочетени данни за последователност. MGEfinder идентифицира геномното място на всяко вмъкване на MGE и извежда идентичността на вмъкнатата последователност. Ние прилагаме MGEfinder към 12 374 секвенирани изолати от 9 преобладаващи бактериални патогени, включително Mycobacterium tuberculosis, Staphylococcus aureus и Escherichia coli, и идентифицираме хиляди MGE, включително кандидат-последователности за вмъкване, конюгатни транспозони и профаги. Репертоарът и вмъкването на MGE варират при различните видове, а местата за интеграция често се групират в близост до гени, свързани с антибиотична резистентност, вирулентност и патогенност. Вмъкванията на MGE вероятно допринасят за антибиотична резистентност при лабораторни експерименти и клинични изолати. Освен това идентифицирахме хиляди гени за мобилност, подмножество от които имат неизвестна функция, отваряща възможности за изследване. Бъдещото приложение на MGEfinder върху коменсални бактерии допълнително ще осветява бактериалната адаптация и еволюция.

    Резюме

    Малките протеини традиционно се пренебрегват поради изчислителни и експериментални трудности при тяхното откриване. За да идентифицираме систематично малки протеини, проведохме сравнително геномно проучване върху 1773 свързани с човека метагеноми от четири различни места на тялото. Описваме> 4000 консервирани семейства протеини, повечето от които са нови; 30% от тези протеинови семейства се очаква да бъдат секретирани или трансмембранни. Над 90% от малките протеинови семейства нямат известен домейн и почти половината не са представени в референтни геноми. Ние идентифицираме предполагаеми домакински, специфични за бозайници, свързани с отбраната и протеинови семейства, които е вероятно да бъдат прехвърлени хоризонтално. Предоставяме доказателства за транскрипция и превод за подгрупа от тези семейства. Нашето проучване предполага, че малките протеини са много в изобилие и по-специално тези на човешкия микробиом могат да изпълняват различни функции, които не са докладвани по-рано.

    Резюме

    Описателните и транслационни изследвания на микробиома на човешките черва (ГМ) бързо се разширяват; проучванията обаче са до голяма степен ограничени до индустриализираното население в САЩ и Европа. Малко се знае за микробната променливост и нейните последици за здравето и болестите в други части на света. Населението в Африка е особено слабо представено. Извършените ограничени изследвания са фокусирани върху няколко предметни области, включително въздействието на дългосрочния начин на живот и диетичните фактори върху екологията на ГМ, нейното съзряване по време на ранна детска възраст и взаимовръзките между микробиома, инфекциозни заболявания и недохранване. Наскоро международните консорциуми поставиха основите за мащабни изследвания на геномиката и микробиомите на континента, със специален интерес към епидемиологичния преход към неинфекциозна болест. Тук изследваме сегашния пейзаж на ГМ стипендията в Африка и предлагаме действени препоръки за подобряване на капацитета и резултатите от научните изследвания.

    Резюме

    Резюме

    Като признание за нарастващата честота и смъртност от рак в условия с ниски и средни ресурси, както и за нарастващия международен профил на членството си, ASCO даде приоритет на усилията за засилване на ангажираността си на глобално ниво. Сред препоръките, включени в доклада на Глобалната онкологична лидерска група за 2016 г. до Съвета на директорите на ASCO, беше, че ASCO трябва да насърчава признаването на глобалната онкология като академична област. Докладът предполага, че ASCO може да играе роля при прехода на глобалната онкология от неформално поле на предимно доброволчески дейности към по-формална дисциплина със силни научни изследвания и добре дефинирани компоненти за обучение. В резултат на тази препоръка през 2017 г. ASCO сформира Академичната глобална онкологична работна група (AGOTF), която да насочва приноса на ASCO към формализиране на областта на глобалната онкология. AGOTF беше помолен да събере и анализира ключови проблеми и бариери пред признаването на глобалната онкология като академична дисциплина, с акцент върху обучението, научните изследвания и кариерните пътища, и да изготви набор от препоръки за действията на ASCO. Резултатът от AGOTF беше разработването на препоръки, предназначени да подобрят статуса на глобалната онкология като академична дисциплина.

    Резюме

    Резюме

    Резюме

    CrAss-подобни фаги са двуверижни ДНК вируси, които преобладават в човешките чревни микробиоми. Тук анализираме метагеномни данни на червата от двойки майка-бебе и пациенти, подложени на трансплантация на фекална микробиота, за да оценим моделите на придобиване, предаване и разнообразие от щамове на подобни на crAss фаги. Откриваме, че crAss-подобни фаги рядко се откриват при раждането, но са все по-разпространени в детския микробиом след един месец от живота. Наблюдаваме почти идентични геноми в 50% от случаите, когато една и съща crAss-подобна клада се открива както при майката, така и при бебето, което предполага вертикално предаване. В случаите на предполагаемо предаване на прототипен crAssphage (p-crAssphage), откриваме, че подгрупа от щамове, присъстващи в майката, се откриват при кърмачето и че разнообразието от щамове при бебета се увеличава с времето. Путативните протеини на влакната на опашката са обогатени за несинонимни вариации на щама в сравнение с други гени, което предполага потенциална еволюционна полза от поддържането на разнообразието на щама в специфични гени. И накрая, ние показваме, че p-crAssphage може да бъде придобит чрез трансплантация на фекална микробиота.

    Резюме

    Малките отворени рамки за четене (smORF) и техните кодирани микропротеини играят централна роля в микробите. Въпреки това, има огромно неизследвано пространство на smORFs в свързаните с човека микроби. Неотдавнашен биоинформатичен анализ използва еволюционни сигнали за съхранение, за да подобри прогнозирането на малките протеинови семейства. За да улесним анотирането на конкретни smORF, ние въвеждаме SmORFinder. Този инструмент комбинира профилни скрити модели на Марков за всяко семейство smORF и модели за дълбоко обучение, които по-добре се обобщават за семейства smORF, които не се виждат в учебния набор, което води до обогатяване на прогнози за транслационни сигнали Ribo-seq. Анализът на важността на характеристиките разкрива, че моделите на дълбоко обучение се научават да идентифицират последователностите на Shine-Dalgarno, деприоритизират позицията на колебание във всеки кодон и групират синоними на кодони, намерени в таблицата с кодони. Анализ на ядро-геном на 26 бактериални вида идентифицира няколко основни smORFs с неизвестна функция. Предварително изчисляваме smORF анотации за хиляди изолирани геноми RefSeq и метагеноми на Human Microbiome Project и предоставяме тези данни чрез публичен уеб портал.